Gianluca Pastori è ricercatore di Storia delle relazioni internazionali; nell'a.a. 2006-07 è stato docente di Storia delle istituzioni militari e dei sistemi di sicurezza presso la Facoltà di Scienze Politiche e Sociali, Università Cattolica del Sacro Cuore, Milano.
Dall'a.a. 2007-08 è professore Aggregato di Storia delle relazioni politiche tra il Nord America e l'Europa presso la medesima facoltà. È docente nel modulo di Storia delle relazioni internazionali nel Master in Diplomacy (già Master in International Affairs) dell'ISPI – Istituto per gli Studi di Politica Internazionale; presso lo stesso Istituto, è coordinatore e docente della Winter School “Le politiche energetiche dell'Unione Europea”.
Gianluca Pastori è, inoltre, socio fondatore di SeSaMO – Società per gli Studi sul Medio Oriente, socio di diritto di SISI – Società Italiana di Storia Internazionale, socio di SISM – Società Italiana di Storia Militare (di cui è stato membro del Comitato direttivo nel periodo 2007-12).