Figlio di Francesco Pignatone, Deputato della Democrazia Cristiana negli anni ’50, entra in Magistratura nel 1974 e dopo una breve parentesi come Pretore a Caltanissetta nel 1977 viene trasferito alla Procura della Repubblica di Palermo dove nel 2000 verrà nominato Procuratore aggiunto.
Ha collaborato per tanto tempo con Pietro Grasso, ex Procuratore capo di Palermo (attuale Presidente del Senato e già Procuratore nazionale antimafia), nella conduzione della Direzione Distrettuale Antimafia di Palermo. A Palermo ha portato a termine numerose indagini contro Cosa Nostra facendo condannare vari capi e gregari della criminalità organizzata siciliana, in particolare negli anni ’80 ha incriminato Vito Ciancimino ex sindaco di Palermo poi condannato per Mafia, ha messo sotto indagine Totò Cuffaro ex Presidente della Regione Siciliana poi condannato definitivamente a 7 anni per favoreggiamento aggravato a Cosa Nostra, ha anche coordinato le indagini che hanno portato all'arresto del superlatitante Bernardo Provenzano.
Nel 2008 è stato nominato dal Consiglio Superiore della Magistratura Procuratore capo di Reggio Calabria. Anche in Calabria continua la sua attività contro la criminalità organizzata assestando numerosi colpi alla Ndrangheta essendo anche a capo della Direzione distrettuale antimafia di Reggio Calabria.Per il suo impegno contro la Ndrangheta ha subito alcune intimidazioni e minacce, in particolare il 5 ottobre 2010 viene trovato, a seguito di telefonata anonima, un bazooka dinanzi la sede della Procura della Repubblica di Reggio Calabria indirizzato proprio a Giuseppe Pignatone.
A Reggio Calabria ha portato a termine numerose operazioni di polizia contro la ndrangheta tra le più importanti c'è sicuramente l'inchiesta il crimine coordinata da due procure (Reggio Calabria e Milano) che ha consentito di svelare il carattere unitario della ndrangheta con organismi di vertice (simili alla cupola di Cosa nostra) come la Provincia o il crimine e ha confermato ancora di più la forte presenza della criminalità organizzata calabrese al Nord Italia.
Nel 2012 è stato nominato dal CSM Procuratore capo di Roma con voto unanime.
Il 4 ottobre seguente, su suo ordine, i carabinieri del NOE coordinati da Sergio De Caprio, meglio noto come Ultimo, e dal capitano Pietro Rajola Pescarini, hanno perquisito l’abitazione di Massimo Ciancimino a Palermo e di altri imprenditori e prestanome alla ricerca di carte, file e documenti sulla Ecorec utili alle indagini avviate dai pm Delia Cardia e Antonietta Picardi in riguardo al riciclaggio di denaro nella più grande discarica di rifiuti in Europa a Glina (Romania) del valore di circa 115 milioni di euro e che, secondo gli investigatori, è riconducibile proprio a Ciancimino e farebbe parte del tesoro accumulato dal padre Vito quando era sindaco di Palermo.