Il Prof. Francesco Quaglio, nel 1984, ha conseguito la laurea in Medicina Veterinaria presso l'Università di Bologna con punti 110 su 110 e lode, presentando una tesi sperimentale: Su di un episodio di aflatossicosi nel tacchino. Studio Sperimentale.
Nel 1989 ha conseguito il titolo di Dottore di Ricerca, sostenendo, in Roma davanti alla Commissione Ministeriale, l'esame con discussione della tesi.
Dal 2006 presta servizio, in qualità di professore di seconda fascia nel settore scientifico-disciplinare VET-03, presso il Dipartimento di Sanità Pubblica, Patologia Comparata ed Igiene Veterinaria della Facoltà di Medicina Veterinaria dell’Università degli Studi di Padova.
Nella primavera del 1993 è stato eletto membro del consiglio direttivo della Società Italiana di Patologia Ittica, carica riconfermata nel 1998. Partecipa a progetti di ricerca nel settore dell'acquacoltura e dell'ittiopatologia.