Jean Antoine Gili collabore à plusieurs revues de cinéma à partir du milieu des années 1960. Spécialiste du cinéma italien, il écrit régulièrement pour la revue Positif (dont il rejoint la rédaction en 1983). À ce sujet, Ettore Scola, préfaçant son ouvrage consacré au cinéma italien, écrit : « Parmi les spécialistes étrangers du cinéma italien, Jean Gili est sûrement l'un des plus pointus, les mieux informés et les moins ennuyeux. » Il est vrai que le critique français s'est intéressé, sans préjugés, ni a priori, à tous les aspects, périodes et évolutions du cinéma italien. Des ouvrages comme L'Italie de Mussolini et son cinéma (1985) ou Le Cinéma italien à l'ombre des faisceaux (1990) défont des idées superficielles émises à propos du cinéma italien. Il a enseigné à l'université de Nice puis a soutenu sa thèse d'État en 1990 sous la direction de Pierre Milza à l'IEP de Paris. Il est professeur émérite à l'Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne.Il a créé le Festival du cinéma italien d'Annecy et, avec Jean-Pierre Jeancolas, en 1984, l'Association française de recherches sur l'histoire du cinéma (AFRHC), qui édite la revue 1895.Il a présidé, de 2001 à 2005, la commission scientifique du Patrimoine cinématographique